Giriş

İnsanlarda bulunan mikroorganizmaların tamamına “mikrobiyota”, mikroorganizmaların genomuna ise “mikrobiyom” adı verilmektedir. İnsan vücudunda trilyonlarca, neredeyse konak hücrelerin 10 katı kadar bakteri olduğu tahmin edilmektedir. İnsan, kabaca %10’u insan hücresi, %90’ı bu konağa yerleşmiş mikrobiyal hücrelerden oluşan bir süperorganizmadır (1). İnsan vücudunda birçok organ ve dokuda kolonize olmuş toplam 1014 mikroorganizma olduğu tahmin edilmektedir. Ayrıca bu mikroorganizmalar insan genomundan 150 kat fazla gen içermektedir (2-4).

Normal şartlar altında sağlıklı bireylerde barsak florasının %90’ını gram-pozitif Firmicutes (Clostridium, Eubacterium, Ruminococcus, Butyrivibrio, Roseburia, Anaerostipes, Faecalibacterium), gram-negatif Bacteroidetes, Proteobacteria ve gram-pozitif Actinobacteria (Bifidobacterium cinsleri) tipi organizmalar oluşturmaktadır. Firmicutes oranı tüm floranın %60’ı, Bacteroidetes %10 ve Actinobacteria %10 kadarını oluşturmaktadır. Flora belirli bir oranda faydalı ve zararlı bakterileri içerir. Faydalı bakterilerinin oranının görece azaldığı durumda “mikrobiyal disbiyozis” olarak adlandırılan istenmeyen bir süreç başlar.

Barsak mikrobiyotası bireye özgüdür, her insanın kendine özgü mikrobiyal içerik ve dağılımı mevcuttur. Mikrobiyota; coğrafi köken, genetik, doğum şekli, yaş, yaşam tarzı, beslenme, aşılama, aşırı dezenfektan kullanımı, antibiyotik kullanımı ve geçirilen hastalıklar gibi kişinin yaşamı boyunca değişen yaşamsal faktörlerine bağlı değişkenlik gösterir. Erken yaşam yıllarından başlayarak yaşlılığa doğru Firmicutes türü bakteriler artar, Bacteriodetes türleri ise azalır. Yine antibiyotik kullanımı, türüne ve kullanıldığı yaşa bağlı olarak, geçici ya da kalıcı mikrobiyal disbiyozise neden olur (5).

İnsan mikrobiyotasının büyük kısmı başta sindirim sistemi olmak üzere deri, genitoüriner sistem ve solunum sisteminde kolonize olmuştur. Geniş yüzey alanı nedeni ile kolon, tek başına vücudumuzdaki mikroorganizmaların %70’inden fazlasını barındırmaktadır. İntestinal mikrobiyota elemanlarının büyük çoğunluğu anaerobik ve kültürü çok güç olan bakteriler olduğu için analiz yöntemi olarak öncelikle “16S rRNA genleri” hedeflenmiştir (6).

İnsan mikrobiyom projesi insan mikrobiyomu ve mikrobiyotayı oluşturan mikroorganizmaların dağılımını, evrimini ve insan var oluşu üzerine olan etkilerini incelemek amacıyla, 2008 yılında Amerika Birleşik Devletleri’nde başlatılmış ve Avrupa ve Asya ülkelerinin de katıldığı interdisipliner bir çalışma projesi olarak planlanmıştır (7).

Sızdıran Barsak Hipotezi

Barsak epiteli vücuttaki en geniş mukozal yüzeydir. Sağlıklı durumda intestinal epiteldeki tight junction proteinleri (oklidin, adezyon molekülü ve zonula okludens) ile mukus tabakası, patojen bakteriler ve yabancı antijenler için fiziksel bir bariyer oluşturur (8). Disbiyozis sonucu intestinal geçirgenliğin arttığı durumlarda mikroorganizmaların ürettiği zararlı maddeler sistemik dolaşıma geçer (9). Bu bakteriyel translokasyon patojenik antijenlerin dolaşıma karışmasına ve immün yanıt oluşumuna neden olur (10). Oluşan bu enflamatuvar cevabın başta otoimmün hastalıklar olmak üzere nöropsikiyatrik ve metabolik pek çok bozukluğun oluşmasında rolü olduğu düşünülmektedir.

Mikrobiyota ve İmmün Sistem

İntestinal mikrobiyota doğuştan ve edinilmiş immün işlevler üzerinde kritik rol oynamaktadır (11,12). Yenidoğanın gelişimi sırasında mikrobiyotada meydana gelen değişikliklerin sonuçları uzun yıllar devam eder (13). Perinatal dönemde oluşan mikrobiyota çeşitliliği doğal öldürücü T lenfositler üzerinde ömür boyu devam eden bir etki meydana getirebilir (14). Barsaklarda yaşayan bakteriler insan hücreleriyle devamlı etkileşim halindedir (15). Gram-negatif bakteriler peptidoglikanlar ve lipopolisakkaritler üzerinden sekretuvar immünoglobulin A ve intestinal alkalen fosfataz üretimini artırarak; Bacteroides fragilis polisakkarit A; Bacteroides thetaiotaomicron ise nükleer faktör kappa B inaktivasyonu ile mukozal immünite üzerinde etkilidirler (16). İnterferon-alfa gibi enflamatuvar sitokinlerin depresyona yol açtığı bilinmektedir (17). Antidepresanların monoaminler üzerine etkisi dışında güçlü immünoregulatör sitokin olan interlökin-10 (IL-10) üzerinden enflamasyonu baskılayarak da antidepresan etki oluşturduğu düşünülmektedir (18). İlginç şekilde probiyotikler de IL-10 düzeylerini arttırmaktadır (19). Bu sonuçlar mikrobiyota çeşitliliğinin psikiyatrik bozukluklarla da ilişkisini ortaya koymaktadır. İntestinal mikrobiyotanın mukozal ve sistemik immünite üzerine olan etkilerine bakıldığında yine gastrointestinal sistemin özellikle allerjik ve otoimmün hastalıkların patogenezinde etkili olduğu görülmektedir.

Yoğun Bakım Ünitesi (YBÜ) Hastasında Mikrobiyotanın Rolü

YBÜ hastalarında görülen mikrobiyota değişiklikleri, fiziksel konumlarından ziyade hastalıklarının şiddetine bağlıdır. Kritik hastalık, konakçının ekolojik dengesini önemli ölçüde değiştirir; böylece konakçı mikropların çevresel koşulları ve topluluk yapıları değişime uğrar. Bu klinik gözlem, mikrobiyal ekolojide, “Her şey her yerdedir, ancak çevre seçer” ilkesini desteklemektedir (20).

YBÜ hastaları, hastane kaynaklı enfeksiyonlar açısından en yüksek riskli hasta grubudur. Bu enfeksiyonlarla savaşmak adına kullanılan antibiyotiklerin direnç geliştirme riski dışında, bağışıklık sistemimizde evrimleşmiş ve yerleşik olan trilyonlarca mikroorganizma üzerindeki etkileri daha yeni keşfedilmeye başlanmıştır (21,22). Mikrobiyom olarak tanımladığımız bu yeni yaşam birliğinin klinik öncesi çalışmalarda, çok sayıda doğrudan ve dolaylı (immün aracılı) mekanizma yoluyla enterik ve sistemik patojenlere karşı korunmada esas oldukları gösterilmiştir (23-25). Kritik hastadaki net etki ise, özellikle üst gastrointestinal sistemde bakterilerin eliminasyonunun azalması ve böylelikle gram-negatif bakteriler tarafından hızla oluşturulan pH nötr rezervuar bir ortamdır. Hipoperfüzyon ve barsak duvarının reperfüzyonu, şiddetli mukozal enflamasyona yol açar. Artan nitrat konsantrasyonları ve değişmiş mukozal oksijen gradyanı; Pseudomonas aeruginosa ve Escherichia coli gibi klinik olarak bilinen birçok gram-negatif bakteri ve Enterococcus spp. ve Staphylococcus aureus gibi Firmicutes phylum’un bazı üyelerini içeren Proteobacteria filumundaki mikroorganizmaların büyümesini desteklemektedir. Bir diğer önemli durum da kritik hastalarda, aşırı intestinal mukus tabakası incelmesi, kesintiye uğraması veya yokluğudur. Sağlıklı bireylerde barsak anatomisinin bu önemli anatomik bileşenleri kendi koruyucu mikrobiyotalarını barındırır ve barsak ekosistemi ile konakçı arasında fiziksel bir engel oluşturur (26-28).

Antibiyotiklerin yaygın kullanımı, YBÜ hastalarında görülen ciddi bakteriyel disbiyozun ana sebebi olarak görülmektedir. Ancak eldeki kanıtlar ağırlıklı olarak klinik öncesi çalışmalara dayandığından, insanlarda mikrobiyota bağımlı immüniteyi yöneten mekanizmanın tam olarak anlaşılması halen bir sorun olmaya devam etmektedir. Örneğin; geniş spektrumlu antibiyotikler ile barsak mikrobiyota bozulması, sağlıklı insanlardaki endotoksemi sırasında sistemik doğal bağışıklık yanıtlarını etkilemez. Ancak kritik hastalarda konağın intestinal mikrobiyom dengesini bozarak disbiyozise neden olur. Kritik hastalarda gastrointestinal motilite; opioid kullanımı ve bozulmuş glikojen metabolizması gibi sebeplerle sıklıkla bozulmuştur. Bunların yanı sıra, kötü beslenme durumu, katekolaminlerin endojen üretimi ve safra tuzlarının sentezinin azalması da gastrointestinal sistemdeki selektif mikrobiyal yoğunluğu arttırarak, sonuçta barsaktaki spesifik bakteriyel taksonun artmasına neden olur. Ek olarak, enteral/parenteral beslenme, mekanik ventilasyon, protonun pompa inhibitörleri ve vazopressör kullanımlarının da mikrobiyomun zaten zayıflamış intestinal ekosistemi bozması muhtemeldir (20). YBÜ hastalarının yetersiz nütrisyonu da mikrobiyota kompozisyonunu önemli oranda etkilemektedir. Mikrobiyota kalın barsakta, sindirilmemiş diyet lifleri ve konakçı proteinlerini fermente eder. Fiberlerin fermentasyonu, kolon epitel hücrelerinin bir enerji kaynağı olarak kullandığı ve mikrobiyota tarafından üretilen bütirat için gereklidir. Kritik hastalarda bütirat üreten bakterilerin olmadığı ve bütirat üretiminin minimum olduğu gösterilmiştir (29).

YBÜ’de deri, oral ve fekal mikrobiata değişiklikleri 115 mekanik ventilasyon hastasının alındığı yakın zamanlı bir çalışmada incelenmiştir. Bu çalışmanın sonuçları; birçok YBÜ hastasında mikrobiyom çeşitliliğinin YBÜ’ye kabul sonrası keskin bir şekilde azaldığını ve bu değişikliklerin kalış süresi arttıkça daha belirgin olduğunu göstermektedir. Blautia spp., Ruminococcus spp. ve Faecalibacterium spp. gibi yararlı bakteriyel taksonlar havuzunun kritik bakım hastalarında anti-enflamatuvar özelliklere sahip olduğu bilinmektedir (30,31). Sağlıklı insan çalışmalarında; önceden kısa süre, oral, geniş spektrumlu antibiyotiklerle tedavi edilen bireylerde mononükleer hücrelerin lipopolisakkarid ile ex-vivo stimülasyondan sonra tümör nekrozis faktör-alfa (TNF-α) üretme kapasitelerinde belirgin kusur saptandığı görülmüştür. TNF-α üretimindeki bu azalma, antibiyotik tedavisinin kesilmesinden sadece 6 hafta sonra tamir edilebilmiştir (32,33). Bu sonuçlar göstermektedir ki YBÜ’de akılcı ve hedefe yönelik antibiyoterapi kullanımı mikrobiyom çeşitliliğini koruyarak konak direncine katkı sağlamakta ve YBÜ’lerde artmakta olan antibiyotik direncine karşı da koruyucu olmaktadır. Nitekim modern insanla en az temas etmiş Yanomami kızılderililerinde yapılan bir çalışmada; kabile üyelerinin şimdiye kadar rapor edilen en yüksek çeşitlilikte bakteri ve genetik fonksiyonları olan mikrobiyom barındırdığı ve batılılaşmanın insan mikrobiyolojisi çeşitliliğini önemli derecede etkilediği ortaya konulmuştur. Bu çalışmanın bir diğer önemli sonucu da antibiyotik rezistans genlerinin antibiyotiğe maruz kalmama durumunda dahi insan mikrobiyolojisinin bir özelliği olması durumudur (34).

YBÜ’de Barsak, Pulmoner Mikrobiyota ve Klinik İlişkisi

Barsak mikrobiyotasının homeostazisindeki dengesizlik veya disbiyozis, diyabet, obezite, enflamatuvar barsak hastalığı ve romatoid artrit gibi bir dizi farklı hastalık ile ilişkilendirilmiştir. Genel olarak, YBÜ’de sepsis ile takipli hastalarda barsak mikrobiyotası, daha düşük çeşitlilik, anahtar kommensal türlerin (Faecalibacterium, Blautia, Ruminococcus gibi) azalması ve Escherichia, Shigella, Salmonella, Enterococcus, C. difficile veya Staphylococcus gibi cinslerde artışla karakterizedir (31,35-38). Bununla birlikte, sepsiste çoğu patojenin yalnız hareket etmediği ve enfeksiyonların “polimikrobiyal” fenotiplere sahip olduğu ve mikrobiyotanın başlangıç durumunun enfeksiyona duyarlılığı ve enfeksiyonun şiddetini etkileyebildiği ortaya konulmuştur (39,40). Nitekim barsak fare modellerinde mikrobiyomunun antibiyotik kaynaklı bozulması, hem gram-pozitif hem de gram-negatif pnömosepsisin artmış enflamasyona ve bakteriyel yayılmaya yol açtığı gösterilmiştir (39,41).

Sağlıklı akciğerlerde, bakterilerin çoğunun oral mikrobiyotadan geldiği düşünülmektedir. Akciğer mikrobiyotası, orofarenksin mikrobiyotasına; nazofarenks, mide-barsak veya solunan havaya göre daha çok benzemektedir. Sağlıklı orofarenks iyi huylu Veillonella spp. ve Prevotella spp. içerir ve bu nedenle sağlıklı akciğerlerde de bu türler bulunur. Kritik hastalık sırasında ise orofarinks, Pseudomonas aeruginosa ve Klebsiella pneumoniae gibi patojenik proteobakteri popülasyonuna sahip hale gelir. Dahası, kritik hastalıkta, mide ve ince barsak, akciğerlere bakteriyel göçün ana kaynağı olabilir. Kritik hastalıklarda sedasyon ve endotrakeal entübasyon; mukosiliyer klirensi ve öksürük refleksini azaltarak mikrobiyal eliminasyonun azalmasına neden olur. Ayrıca, mekanik ventilasyon alveolar ödemde bir artışa neden olabilir, bu da akciğerde oksijenin daha düşük olduğu alanlarda patojen bakterilerin üremesine izin verir. Akut Solunum Sıkıntısı sendromu (ARDS) ve pnömoni gibi alveoler hasar durumlarında bu değişiklikler ön plandadır. Sağlıklı alveoller protein bakımından zengin surfaktan ile kaplıdır, bahsedilen durumlarda ise bu bakterisidal yüzeyel aktif madde inaktive olur ve alveoller bakteriler için daha elverişli bir ortam haline gelir (20,42).

Deneysel çalışmalarda konakçı mikrobiyota dengesinin influenza ve diğer birçok tür bakteriyel pnömoniye karşı koruyucu olduğu gösterilmiştir. Ayrıca net öneri olmamakla beraber Lactobacillus spp. ve Bifidobacterium spp. kullanımlarının solunumsal enfeksiyonların insidansını ve sonuçlarını iyileştirdiğini gösteren çalışmalar mevcuttur. Ek olarak, barsaktaki Toll-benzeri reseptör agonistlerine, nükleotid bağlayıcı oligomerizasyon alanı benzeri reseptörlere, lipopolisakkarid, peptidoglikan ve lipoteikotik asit gibi maddelere maruz kalmanın akciğerlerin bakteri temizleme yeteneğini arttırdığı gösterilmiştir (43,44).

Sepsiste Mikrobiyota

Sepsiste; barsaktaki disbiyozis, hem patojen invazyonunu (mikrobiyal translokasyon) tetiklemede hem de enflamatuvar mediyatörlerin (gut-lenf hipotezi) distal uç organ hasarına aracılık etmede merkezi bir orkestra şefi olarak kabul edilir (45,46). Gözlemsel çalışmalar YBÜ’de sepsis öncesi ve sonrasında yaklaşık 400 yetişkini analiz etmişler ve klinik olarak belirgin sepsisin zamanla belirli patojenlerin çokluğu ile birlikte olup zaman içinde barsak mikrobiyal çeşitliliğinin kaybıyla ilişkili olduğunu saptamışlardır. Genel YBÜ, hematopoietik kök hücre transplantı ve de yanık hastasında Enterokok türlerini dominant olarak saptanmışlar, bakteriyemi ve çoklu organ yetmezliği ile ilişkili bulunmuşlardır (38,47-50).

Sepsiste hayvan modeli çalışmaları ise özellikle sistemik antibiyotiklerin disbiyozis nedeni olduğunu ortaya koymuştur. Başka bir fare modelinde ise; neonatal sepsiste perinatal antibiyotiklerin, barsak mikrobiyal çeşitliliğini ve sepsise karşı savunma mekanizmalarından IL-17A aracılı granülopoezi azalttığı görülmüştür. Zararlı antibiyotik etkileri ise normal donörlerden fekal transplantasyon ile kısmen tersine çevrilmiştir.

Sepsis hayvan modellerinde diyet etkileri de incelenmiştir. Örneğin; peynir altı suyu bazlı peptit diyetleri, Lactobacillus gibi koruyucu mikroorganizmaların artmasına ve intestinal bütünlüğün sağlanmasına neden olmuştur (51,52). Bunların yanı sıra olgu bazlı önerilerde diyare ile birlikte olan sepsiste fekal mikrobiyota transplantasyonunun (FMT) Firmicutes türlerinde artışla oluşan tedavi edici etkilerine vurgu yapılmaktadır (53,54).

ARDS’de Mikrobiyota

ARDS sepsise göre tecrübenin ve çalışma sonuçlarının daha kısıtlı olduğu bir alandır. Solunum mikrobiyomunun disbiyozu, ventilatör ilişkili pnömoni (VİP) gelişen hastalarda pnömoni olmayanlara göre daha ciddidir. Bu durum, Burkholderia, Bacillales (en önemli tür olarak Staphylococcus aureus ile) ve Pseudomonadales’in nispeten çokluğu ile ilişkili görünmektedir (55). ARDS veya pnömoni gibi alveolar hasarlanma durumlarında, çevresel koşullar aniden değişmektedir. Önceden boş alveoller, protein bakımından zengin bir sıvı ile dolar ve mikropların çoğaltılması için uygun ortam sağlanmış olur. Bakterisidal yüzeyel aktif maddeler inaktive edilerek mukosiliyer klirens bozulur ve böylece mikrobiyal eliminasyon yavaşlatılır. Ekolojik olarak hasarlı alveoller, barsakları sağlıklı akciğerlerden daha fazla andırmaya başlar, bu nedenle de kritik hastalıklarda ortaya çıkan çoğu patojenin enterik kökenli olması şaşırtıcı değildir. Hayvan çalışmalarında hasarlı akciğerlerden alınan lavaj sıvılarındaki bakteriler, sağlıklı farelerin akciğerlerine yerleştirildiğinde, hasarlanmamış akciğerlerden elde edilen bakterilerden daha fazla enflamasyona neden oldukları görülmüştür (56-58). Yapılan bir çalışmada insan bronkoalveoler lavaj örneklerinde, artmış alveolar katekolamin konsantrasyonlarının bir baskın türün (çoğunlukla P. aeruginosa) etrafındaki akciğer mikrobiyomunun bozulması ile güçlü bir şekilde ilişkili olduğu görülmüştür (59).

YBÜ’de Mikrobiyota Hedefli Tedaviler

Diğer tüm alanlarda olduğu gibi YBÜ’de de mikrobiyota hedefli tedavi stratejileri hakkında araştırmalar devam etmektedir. Mevcut tedavi yöntemleri, iki prensibe dayanmaktadır; ya potansiyel olarak patojenik mikroorganizmaların (dekolonizasyon stratejileri) aşırı çoğalmasını azaltmak ya da faydalı mikroorganizma havuzunu yeniden tedarik etmektir. Selektif digestif dekontaminasyon (SDD); günlük olarak orofarenks ve gastrointestinal kanalda uygulanan ve absorbe olmayan antimikrobiyallerin kullanımı ile uygulanır ve en kapsamlı olarak ele alınan tedavi modalitesidir. Birçok klinik çalışma ve meta-analiz ile SDD’nin kritik hastalardaki nozokomiyal enfeksiyonları önleyebileceğini ve genel mortalite oranlarını azalttığını bildirmiştir (60). İkinci prensip ise disbiyozu düzeltmek için fayda sağlayabilen canlı mikroorganizmalar olan probiyotiklerle barsağı yeniden beslemeyi amaçlamaktır. Bunun için de çoğunlukla Lactobacillus ve Bifidobacterium cinslerinin üyeleri kullanılmaktadır. Prebiyotikler ise seçici olarak fermente olabilen, gastrointestinal mikroorganizmaların kompozisyon ve/veya aktivitesini etkileyerek bireyin sağlığı üzerinde olumlu etkileri olan besin bileşenleridir. Prebiyotiklerin doğal kaynakları arasında muz, elma, çilek, enginar, kuşkonmaz, soya fasulyesi, tam buğday, arpa, keten tohumu, badem ve ceviz bulunmaktadır. Prebiyotikler ile probiyotiklerin kombinasyonu sinbiyotik olarak adlandırılmıştır ve bu bileşiklerin tümü, birçok hastalık durumu için potansiyel bir tedavi olarak kapsamlı bir şekilde araştırılmaktadır. Ancak halen VİP tedavisi için probiyotiklerin kullanımı konusunda önemli öneriler henüz yayınlanmamıştır. YBÜ’deki probiyotiklerin türleri, dozları ve tedavi süreleri ile ilgili net veriler halen mevcut değildir (61,62). Mikrobiyota dengesini sağlayarak hastalıklara tedavi sunma yöntemlerinden biri de FMT (fekal bakteriyoterapi, fekal transfüzyon ve gaita transplantasyonu) uygulanmasıdır. Çalışmalarla elde edilen sınırlı veriler, barsak mikrobiyotasının FMT yoluyla yeniden rekolonizasyonunun, disbiyozu dengeleyebildiği, barsak mikrobiyal bariyerin geri kazanımını indükleyebildiği ve YBÜ’de sepsisin tedavisine yardımcı olabildiğini göstermektedir (53,63).

YBÜ Hastasında FMT

Sağlıklı bir donörden alınan gaitanın, alıcının gastrointestinal sistemine yerleştirilmesi işlemidir. FMT yoluyla alıcının yeni bir hastalığa maruz kalmaması için donörlerin ayrıntılı incelenmesi gerekmektedir. Seyahat öyküsü, seks yaşantısı, operasyon öyküsü, transfüzyon hikayesi, malignite öyküsü, kullanılan ilaçlar, immün yetmezlik durumu ve benzeri kişisel özellikleri, kan ve gaita incelemeleri detaylı şekilde yapılmalıdır. Günümüzde birçok farklı amaçla kullanılabilen FMT’nin en sık endikasyonları çocukluk çağı ve geriatrik popülasyonda C. difficile’ye bağlı psödomembranöz enterokolittir. Erişkinlerde irritabl barsak sendromu ve kronik diyare ve konstipasyonda da kullanılmaktadır. Otizm, diyabet, metabolik sendrom, otoimmün hastalıklar gibi birçok hastalıkta deneme aşamasındadır. Uzun dönemdeki sonuçları ile ilgili bilgiler yeterli olmayıp güvenilirliğinin doğrulanması için uzun periyotlu randomize kontrollü çalışmalara ihtiyaç vardır.

Barsak mikrobiyota çalışmalarında genellikle dışkı örneği kullanılır. Dışkının kolon mikrobiyotasındaki genel varyasyonları yansıttığı düşünülmektedir. Donör olarak aile bireyi ya da hasta ile aynı çevrede yaşayan sağlıklı bir kişi seçilir. Genellikle yapılan çalışmalarda 50 ila 200 gram arasında feçes kullanılmıştır. Standardize edilmemiş olmakla birlikte, genellikle kullanıldığı şekliyle, 50-60 gram dışkı kolonik FMT için 250-300 mL, üst gastrointestinal yol için 60-75 mL su ya da süt ile seyreltilir. Homojenize olan transplant materyali, büyük partikülleri ayırmak amacıyla süzgeçten geçirilerek transplatasyona hazır hale getirilir ve enjektörlere çekilir. Çalkalama veya blender ile karıştırma yöntemleri kullanılabilir. Günümüzde FMT yapılan çalışmalarda enema ve kolonoskopi olguların yaklaşık %75’inde kullanılırken, olguların %25’inde nazogastrik/duodenal sonda veya özofagogastroduodenoskopi yöntemi tercih edilmektedir (64). Dışkı örneği sağlık kuruluşunda veya evde alınabilir. Sadece 16S rRNA analizi için, tuvalet kağıdına alınması yeterlidir. Ancak tüm genom sekanslaması yapılacak ise yaklaşık 1 gram dışkı gereklidir. DNA izolasyonu için hastaların örneği evde -20 °C’de dondurup sonra laboratuvara getirmeleri de bir seçenektir. Ancak transport-soğuk zincir şartları sağlanamayabilir. Bu nedenle direkt dondurma için hastanede örnek alımı daha uygundur. Günümüzde, yeni nesil sıralama (NGS) tekniklerinden Roche 454 pyrosequencing ve Illumina sıralaması uygulamaları daha fazla tercih edilmektedir. Mikrobiyal topluluklar, NGS ile daha düşük çözünürlüklü olmakla birlikte daha yüksek taksonomik gruplara (şube, sınıf, takım ve familya gibi) yerleştirilebilirken, kapiller elektroforez-Sanger yöntemi ile daha yüksek çözünürlükte daha düşük taksonomik gruplara (cins ve tür gibi) yerleştirilebilir (65-68).

Sonuç

Mikrobiyota sık görülen hastalıkların çözümlenemeyen tedavi süreçlerinde gelecekte faydalı bir tedavi şekli olarak görülmektedir. YBÜ hastasında primer hastalık, tedavi şekli, ekosistem değişikliklerinin etkisi ile farklılaşan mikrobiyal flora aslında birçok hastalığın temelini oluşturmaktadır. Yeni kanıtlar barsak-akciğer ekseni arasında iki yönlü mikrobiyota aracılı etkileşimi işaret etmektedir. Bu durum bizim aslında mikrobiyotayı tedavi etmeye başladığımız yeni bir sürecin kapılarının aralandığına işaret eder. Klinik olarak doğru cevaplar elde etmek için, iyi tanımlanmış, karşılaştırmalı veri analizine olanak sağlayacak, kapsamlı örnekleme teknikleri uygulamak için çabalar arttırılmalıdır.

Etik

Hakem Değerlendirmesi: Editörler kurulu dışında olan kişiler tarafından değerlendirilmiştir. 

Yazarlık Katkıları

Konsept: F.Ü., Dizayn: F.Ü., M.P.K., Veri Toplama veya İşleme: M.P.K., Analiz veya Yorumlama: F.Ü., M.P.K., Literatür Arama: M.P.K., Yazan: F.Ü., M.P.K.

Çıkar Çatışması: Yazarların herhangi bir çıkar çatışması yoktur.

Finansal Destek: Yazarlar herhangi bir kurum, kuruluş veya dernekten finansal destek almamıştır.